Buenas Noches,
En este post se indica como crear correctamente una cuenta FTP:
http://nydhosting.com/soporte/viewtopic.php?t=160
La carpeta www o public html que es la misma aunque aparezcan las dos es donde debemos colocar los archivos que queremos publicar en internet. En el resto de carpetas que no pertenezca a www estan otros tipo de archivos no visibles para los usuario de la web.
Un Saludo